《四库全书》在纂修完成之后，分抄了七部，存藏在了全国七个不同的藏书阁内，其中，文渊、文溯、文源、文津被称为内廷四阁（北四阁），文汇、文宗、文澜被称为江浙三阁（南三阁）。而这七阁的制式，均是仿照了浙江宁波的天一阁而建。天一阁阁名取自易经中的“天一生水，地六成之”，寓意“以水克火”。天一阁建成于明嘉靖四十五年（1566），是明兵部右侍郎范钦所建的私人藏书楼。乾隆三十八年（1773），开始纂修《四库全书》后，乾隆皇帝敕令按照天一阁的制式兴建七座藏书阁。

       乾隆皇帝将浩瀚的文化典籍比作江河湖海，内廷四阁的命名也都与水有关，他认为：水各有源，同归于渊，渊为源尾，源为渊头，由渊觅源，其经为津，其行为溯，循环往复，以致无穷。乾隆四十七年（1781）年春，第一部抄成的《四库全书》入藏宫中文渊阁。乾隆四十八年（1783）春，第二部抄成的《四库全书》入藏沈阳故宫文溯阁。乾隆四十九年（1784）春，第三部抄成的《四库全书》入藏圆明园内的文源阁。乾隆五十年（1785）春，第四部抄成的《四库全书》入藏承德避暑山庄文津阁。乾隆四十七年（1782），乾隆决定增抄三部《四库全书》，颁发江浙地区，供江南士子阅读传抄。乾隆五十二年（1887）增抄三部的《四库全书》同时告竣，于乾隆五十五年（1790）分别入藏扬州文汇阁，镇江文宗阁和杭州文澜阁。

       乾隆之后，清朝国力由盛转衰，七部《四库全书》也在连年战火中颠沛流离。存藏在北京故宫的文渊阁本《四库全书》，在“九一八”事变爆发后，南迁至上海，抗日战争时期，又从上海运至重庆，抗战结束后运至南京，1948年运至台湾，现存于台北故宫博物院。存藏在沈阳故宫的文溯阁本《四库全书》，在1914年，作为古物成列的一部分被运至北京，1925年东北筹建奉天图书馆，在张学良等有识之士的努力下，文溯阁本《四库全书》重新回到了沈阳。1966年，因战备需要，文溯阁本《四库全书》拨交甘肃省图书馆存藏。存藏在圆明园的文源阁本《四库全书》，在咸丰十年（1860），英法联军攻占北京时，与文源阁一起被烧毁。存藏在承德避暑山庄的文津阁本《四库全书》，在1914年运至北京，1915年由京师图书馆（今国家图书馆）接受，存藏至今。

       太平天国时期，扬州文汇阁和镇江文宗阁及阁中的《四库全书》，均于咸丰三年（1853）毁在战火之中。坐落于杭州的文澜阁在咸丰十一年（1861）毁于战火，文澜阁本《四库全书》散落大半，后经当地藏书家丁氏兄弟的抢救补抄，几近复原，但原书只保留不足四分之一，所以称为半部《四库全书》。1937年为避战乱，文澜本《四库全书》迁离杭州，先后存藏于贵阳、重庆等地，抗战胜利后于1946年运回杭州。1969年文澜本《四库全书》再度迁离杭州，存藏浙江龙泉县战备专库，1976年重返杭州。现存浙江图书馆。

       七阁《四库全书》，历经岁月的洗礼，现保存下来的仅剩三部半。