甘肃简牍保护研究中心成立于2008年，前身是甘肃省文物考古研究所简牍室，是专门负责甘肃简牍的保护、整理和研究的机构。所藏古籍主要是1949年以后在甘肃境内通过考古发掘所得的古代文献，包括秦简、汉简和其它一些文献资料。
一、古籍文献收藏情况
1.天水放马滩秦简  共461枚，发掘于1986年，内容包括甲种《日书》、乙种《日书》和《志怪故事》三种，是在秦人发祥地---天水，首次出土的典籍文献，为研究秦史、秦文化提供了珍贵的第一手新资料。《志怪故事》被誉为我国“最早的志怪小说”，在民间通俗文学史上占有重要地位。
2.居延新简  主要指1972——1974年在甲渠候官遗址、甲渠塞第四隧和肩水金关出土的20000多枚汉简，时间跨度从汉昭帝始元2年（前85年）到东汉安帝永初五年（111年），前后跨越200余年。这批汉简内容丰富，完整或基本完整的册书就有70多个，是研究这一时期西北地区政治社会和历史文化的珍贵资料。
3.马圈湾汉简  共1217枚，发掘于1979年，对探索玉门关的确切位置和研究新莽政权与西域的关系都具有重要价值。
4.悬泉汉简  共35000多枚，是1990年——1992年在敦煌悬泉置遗址发掘的，其中有字简为23000多枚，时间跨度从汉武帝元鼎六年（前111年）到东汉安帝永初元年（公元107年），主要反映了这期间及其前后的有关历史。这批汉简目前整理出来的册书共有15个，主要包括一些私人信件、簿籍、名册、律令和文献典籍，整体内容以中亚西域、邮驿交通、民族关系、丝绸之路、河西地区的历史地理和经济发展为其特色，很多资料可补传世史籍的缺载。
5.永昌水泉子汉简  共600多枚，2008年发掘于永昌水泉子，主要内容为《仓颉篇》和《日书》，为史学研究提供了新的史料。

二、古籍保护情况
1.原生性保护
甘肃简牍保护研究中心所藏的古籍目前都存放于专用的文物库房中。由于甘肃特殊的气候条件，汉简在短期内一般不会发生腐化损毁的情况，根据这一有利条件以及汉简出土时的状态，中心按照汉简的长度定制了大批的囊匣和纸盒，把汉简按出土编号放在囊匣和纸盒中，大约每盒中放十枚简，并对这些囊匣和纸盒进行编号，最后再放入铁皮柜中进行保存。对于一些比较有价值的简牍，中心还特制了一些玻璃试管，先把简放入这些试管中，然后再放进囊匣与纸盒。
天水放马滩秦简出土时是泡在水中的，当时对这批简也是定制了玻璃试管，然后在玻璃试管中注入蒸馏水，把出土后的秦简经过生理盐水清洗后夹在两片有机玻璃中间并固定，再放入蒸馏水中，并进行密封，最后放入冰柜中保存。每隔一定的时间，都需要重新更换蒸馏水，以确保这批秦简的保存条件。2009年5——8月，单位委托湖南长沙简牍博物馆和湖北荆州博物馆，对这批简进行脱水保护，将脱水后的简放入一片有机玻璃的凹槽中，再上压一片有机玻璃，固定后放入库房的铁皮柜中进行保存。
悬泉置遗址出土了十件帛书，均为私人书信，其中的“元致子方书”是两汉地下出土物中保存最完整、字数最多的私人信件，字迹也比较清楚，我们把这件帛书也是用有机玻璃固定，放入囊匣之中，延缓腐化损毁。
《四时月令诏条》的墙皮题记出土时墙体破碎，经过科学的修复后保存在文物库房当中。这些简册、帛书和墙皮题记都已被定级为国家一级文物。
目前甘肃简牍保护研究中心正在新建文物库房，不久就可投入使用，届时这批珍贵的古籍将会得到更好的保存。
2.再生性保护
再生性保护即对这批古籍进行了拍照、整理和出版，一方面使其化身千古，安全传承；另一方面，也大大减少了对原件的提用，间接地保护了这些古籍。
甘肃简牍保护研究中心运用红外线技术对这些古籍进行了拍照存档，并邀请国内相关领域的专家学者做了释文和考证，出版了诸如《天水放马滩秦简》、《居延新简》、《敦煌汉简》、《悬泉汉简研究》、《悬泉汉简释萃》等大批的出版物，不仅出版了精装本，也出版了简装本，很好的解决了这些古籍“藏”与“用”之间的矛盾。
2003年至2004年，甘肃简牍保护研究中心对这些简牍的释文做了电脑录入和存档，进一步提高了对这些古籍的保护手段。
2010年11月7日，中心组织省内外相关专家学者近30人召开了甘肃汉简保护整理出版座谈会，就甘肃汉简的整理出版问题进行了讨论，并与上海文艺出版集团就出版肩水金关简签订了协议，得到了与会专家的支持与认可。
3.古籍工作人员培训
甘肃简牍保护研究中心近年来吸收了一批相关专业的高学历人员；开展了一些在职培训，积极推荐一些相关部门的工作人员参加由国家文物局及其它一些省市举办的有关古籍保护整理的培训班；与西北师范大学历史学院合作，联合培养正规学历教育的文献专业的硕士和博士研究生。这些举措将会进一步推动甘肃简牍保护研究中心古籍的研究和保护工作。