武威市博物馆现藏古籍由四部分构成：明版汉文大藏经、藏文大藏经、西夏文献和其他古籍。汉文大藏经6300多册，藏文大藏经10万多页，有四套《甘珠尔》及少量《丹珠尔》，西夏文献34件，其他古籍2万多册。尽管数量不大，但很有特色，2007年初被列为国家文化部公布的全国57家古籍保护试点单位之一。2013年8月，入选第二批“甘肃省古籍重点保护单位”。

1、汉文大藏经保存相对完好，印制精美，其中还有金粉手抄本，非常珍贵。据武威海藏寺《海藏寺藏经阁记》碑载：清康熙三十六年，海藏寺再度重修后，际善法师，去京都请经，朝廷赐给海藏寺三藏真文6820卷。经卷供于海藏寺无量殿中，此殿由此更名“藏经阁”。建国前，由于马匪马步青屡踞海藏寺，使得经卷损毁严重。1952年收交佛教协会代管，1956年由武威文化馆收藏，后保存于博物馆，一直至今。现经整理共存667函、6309册。

2、藏文大藏经历史悠久，颇具科学研究价值。除2函为朱砂版印制外，其余均为手抄。藏文大藏经为藏传佛教典籍的主要部分，内容从梵文翻译过来，卷帙浩繁，内容广博，自成体系，独具特色。每函第一页为纸质护封，四边瓷青色，较厚，中为挖套，并有织锦护帘，掀开后，左右为手绘彩色佛像，中为藏文。经文为松烟墨书写，黑色，十分清晰。边框左右两侧为藏、汉经名，纸质较薄，象牙白色。选用优质藏纸，主要采用金、银、珍珠、珊瑚、海螺等贵重物品，研磨成粉，精工抄写。2004年至2006年，武威市政府先后聘请西北民族大学多识活佛、更登·三木旦教授，组织民大学生对这批藏文典籍作了全面系统的清理和归类。共整理出410函，约十万余页、八千万字，内容基本属于《甘珠尔》，也有少量的《丹珠尔》。从藏文字体、题跋后记、年号等方面综合分析，专家一致认为，凉州藏文典籍前后经历了几个朝代，有上千年的历史。其最早的作品是公元755年以前的吐蕃写经和木牍，最晚的作品是元、明时期抄写的，历史非常悠久，具有重大民族文物考古价值和民族历史文化研究价值。

3、西夏文献34件，多为残页。其中世俗文献1件，社会文书6件，经文27件，《维摩诘所说经》（下集）已入选第一批国家珍贵古籍名录。这批文献均从武威亥母洞石窟寺遗址清理出土。经1996年国家文物局专家组鉴定均为一、二级文物。

4、古籍图书2万多册，分经、史、子、集及汇编类五部分。1795年（乾隆60年）以前的善本2000多册。

2007年初，在国务院办公厅下发的《关于进一步加强古籍保护工作的意见》中要求：“地方各级政府和有关部门要从对国家和历史负责的高度，充分认识保护古籍的重要性，增强责任感和迫切感，切实做好古籍保护工作。”国家古籍保护中心立即组织申报国家珍贵古籍名录，从2007年起，陆续开办各种培训班，从古籍的制作材料，形制入手，然后进行古籍编目，再其次深入少数民族文字，真可谓面面俱到，为国家培养古籍保护及研究人才。武威市博物馆作为试点单位必须行动起来，脚踏实地工作，逐步形成完善的古籍保护工作体系。

2019年新馆建成运行以来，搬进了专用库房，存放在防虫樟木柜中，并逐渐添加恒温恒湿设备及空气净化屏等设施。